指標體系設計原則
預警涉及評價、預測等內容，指標體系設計時要考慮到總體數量的適當，以及能夠最有效地表達食品安全預警的特征性、規律性和目標性。理想的指標體系可以參照系統相對最小型原則和相對完整性原則進行設計。
1.相對最小型原則
相對最小型是指標的總數量合理化精簡到最少，形成一個最小集。可以通過主成分分析、權重排序等方式方法客觀地精簡掉那些權重微弱的指標、獨立性差的指標和主觀性較強的指標，使指標的數量在能夠完成預警系統功能和準確程度的基礎上，總數量最少。這樣的集合既有利于降低分析計算的工作量，有利于加快指標分析速度。
實際上，此指標是可以替代、 分解或者綜合的。如果污染推標可以分解為具體的污染種類，而且污染種類之間已經建立了相互的關聯關系，那么，選取污染指標要比直接選擇污染種類的數量少得多。有些指標本身是滯后反應的，如中毒死亡數據是食源性疾病發生之后才會出現的情況，如果以食源性疾病作為指標，中毒死亡率指標就可以不納人體系。只要不會影響研究目的和結果的準確性，指標的替代和篩出對建立整個指標體系是有利的。
需要注意的是，在測量指標對于某個食品安全預警問題的影響時，是否可以篩出有時是很難決定的，因此，指標體系的最小型是相對面言的。
2.相對完整性原則
在總量相對最小的同時，要求指標體系還必須滿足一定的完整性， 能夠全面表達所考察的食品安全預警問題，指標表達的信息沒有缺漏和遺失。對于靜態指標和動態指標、宏觀指標和微觀指標、警情指標和警兆指標等應綜合考慮，要配備合理、充分科學。
完整性也是相對而言的。由于食品安全預警系統的制度建設和機制運行害要不斷加以完善，監測檢測的技術水平和預警信息、數據的積累都是動態發展的，因此，有些指標對預警的貢獻程度也會發生變化。需要適時調整。面且，絕對的完整既做不到，也沒有必要。如關于食物對食源性疾病的影響，一些影響機理本身尚不成熟，所以，完整性只能是相對的。應在已有的相關研究的基礎上，恰當地考慮研究問題所涉及的范疇，科學選擇指標，以保障指標體系具有合理必要的完整性。
指標體系架構設計
構建系統架構時可以根據研究的需要設計為多級層次結構。系統層次結構表述了不同層次子系統之間的隸屬關系或相互作用的關系， 不同的層次存在著不同的運動形式，從而構成系統的整體運動特性。用層次之間的表征方法既方便同層次之間的研究和比較，也有利于層與層之間的研究，使得復雜系統的關系清晰簡捷，便于分析。
食品安全預警指標系統考慮為多層次多警情并列式的結構，系統構建為總體層、分類系統層、指標層和指數層4個等級。
(1)總體層表達的是國家或者地區(根據預警系統的預警范圍界定)食品安全的總體警情程度，簡稱總體警度，代表著這個時期食品安全的總體狀況和安全發展態勢，指標就是食品安全總體警度。
(2)分類系統層根據總體層的預警目標設計分類子系統，如有學者將食品安全問題分成數量安全.質量安全和可持續安全，對應的預警系統層就分為數量預警系統。質是預警系統和可持續安全預警系統。鑒于我國食品安全監管的現狀，從食品安全監管的大系統角度出發，盡址利用我國已經建設和正在建設的有關食品安全的數據庫, 以及相關的研究成果，分類系統層可以按部門并列平行設置分類子系統。由于分類系統層是對預警目標的分解，所以也可以根據食品安全問題的特點和預警的功能特性設計。
分類系統層的每個子系統具有獨立性質，代表著系統要描述的特定的狀態、過程和變化的警情或警兆。
(3)指標層由表征分類子系統的主要特征要素組成。特征要素也稱為指標，要求能夠充分說明系統、表征系統，并盡可能準確反映系統警情狀況。
(4)指數層是指具體的可以通過監測、檢測而獲取到的數值、信息，指數層對應于指標層。按照邏輯預警的思想，指數層具有景氣警兆和動向警兆特性。
基于這樣的架構設想。
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